Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ Quốc gia được thành lập ngày 26 tháng 2 năm 2008 theo Nghị định 122/2003/NĐ-CP.[3] Quỹ được mô tả hoạt động theo mô hình Quỹ khoa học quốc gia phổ biến trên thế giới với nhiệm vụ thúc đẩy hoạt động nghiên cứu khoa học của Việt Nam. Các nhiệm vụ chính của quỹ bao gồm:

• Tài trợ nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu ứng dụng, nhiệm vụ đột xuất, tiềm năng.
• Hỗ trợ hoạt động nâng cao năng lực khoa học và công nghệ quốc gia.
• Cho vay, bảo lãnh vốn vay ứng dụng kết quả nghiên cứu vào thực tiễn.
• Cấp kinh phí thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp quốc gia.

Ngoài ra NAFOSTED còn tham gia tổ chức giải thưởng khoa học, là cơ quan thường trực của Giải thưởng Tạ Quang Bửu,[4] một trong các giải thưởng thường niên uy tín nhất của Bộ Khoa học và Công nghệ trong nghiên cứu cơ bản thuộc lĩnh vực Khoa học tự nhiên và kỹ thuật.[5]

Nhà khoa học có trách nhiệm phải thực hiện, tuân thủ quy định liêm chính nghiên cứu trong quá trình thực hiện nhiệm vụ do quỹ tài trợ.[6]